Pracowania Bioinformatyki i Struktury Genomu

Pracowania Bioinformatyki i Struktury Genomu od 2022 roku realizuje swoje badania w Centrum Zaawansowanych Materiałów i Technologii w ramach Działu Mikrobiologii, Genetyki Molekularnej i Genomiki. Naszym celem jest lepsze zrozumienie ewolucji białek oraz badanie ich oddziaływań z DNA oraz innymi molekułami znajdującymi się w komórce. W tym celu stosujemy analizę bioinformatyczną oraz techniki obliczeniowe takie jak modelowanie homologiczne, dokowanie molekularne, dynamikę molekularną oraz metody uczenia maszynowego. W ramach grantu IDUB against COVID-19 pracujemy nad przewidywaniem interakcji między białkiem Spike koronawirusów, a ich molekularnym partnerem – białkiem ACE2. Analiza ta umożliwi identyfikację nowych szczepów wirusów z rodziny Coronoviridae, które mogą stanowić zagrożenie dla populacji ludzkiej. W ramach grantu IDUB BIOTECHMED-2 identyfikujemy i charakteryzujemy regiony chromatyny, które wykazują niejednorodny wzorzec interakcji przestrzennych w eksperymentach prowadzonymi różnymi technikami badawczymi (Hi-C i GAM). Wykorzystywane są metody uczenia maszynowego do badania natury podziału genomu na kompartymenty. Ponadto, analizowane są dane otrzymane z sekwencjonowania następnej generacji takie jak DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, oraz z eksperymentów ChIA-PET, Hi-C, oraz GAM, które umożliwiają poznanie przestrzennej struktury genomu ludzkiego.

1. sekwencjonator MinION Mk1B
2. sekwencjonator MinION Mk1C
3. Qubit 4 fluorymetr

1. Nietoperze jako źródło nowych szczepów wirusów z podrodziny Coronoviridae stanowiących zagrożenie dla populacji ludzkiej (IDUB against COVID-19, 2020–2022)
2. NanoGAM: metoda badania struktury trójwymiarowej genomu, poprzez zastosowanie długich odczytów sekwencji DNA mikroskrawków z utrwalonych jąder komórkowych (IDUB BIOTECHMED-2, 2021–2023)

• dr Teresa Szczepińska – Kierownik Pracowni
• Sachin Gadakh – bioinformatyk