W pracowni Genomiki prowadzone są badania, których głównym celem jest analiza sekwencji i struktury trójwymiarowej genomu organizmów eukariotycznych. W szczególności zajmujemy się poznaniem związku tej struktury z przebiegiem fundamentalnych procesów takich jak transkrypcja, replikacja czy naprawa DNA. Ponadto, badamy dziedziczenie struktury trójwymiarowej genomu oraz jej zmienność w ramach różnych populacji ludzkich, jak również jej rolę w patogenezie chorób człowieka. Wykorzystujemy najnowocześniejsze metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania, w tym długo-odczytowego sekwencjonowania technologią Oxford Nanopore. W pracowni analizujemy dane strukturalne otrzymane z eksperymentów ChIA-PET, Hi-C, Hi-ChIP, GAM oraz inne dane genomiczne m.in. ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq. Ważnym aspektem naszej pracy jest również bioinformatyczna analiza danych proteomicznych. W szczególności stosujemy techniki dokowania molekularnego, dynamiki molekularnej i uczenia maszynowego do analizy oddziaływań białek z innymi makromolekułami lub związkami małocząsteczkowymi oraz modelowanie homologiczne do przewidywania struktury białek. W ramach grantu IDUB against COVID-19 pracujemy nad zrozumieniem interakcji między białkiem Spike koronawirusów, a ich molekularnym partnerem – białkiem ACE2. Dzięki temu możliwa będzie identyfikacja nowych wirusów z rodziny Coronoviridae, które mogą stanowić zagrożenie dla populacji ludzkiej.
Pracownia Genomiki Strukturalnej
Opis badań prowadzonych w pracowni
Aparatura
- Sekwencjonator MinION Mk1C (2 szt.)
- Sekwencjonator MinION Mk1B (1szt.)
- Dostęp do klastra obliczeniowego wydziału MiNI PW (4 serwery NVIDIA DGX-A100)
Projekty realizowane w pracowni
- Badanie zmienności genetycznej rodzin z Projektu 1000 Genomów z wykorzystaniem długo-odczytowego sekwencjonowania w technologii Oxford Nanopore
- Nietoperze jako źródło nowych szczepów wirusów z podrodziny Coronoviridae stanowiących zagrożenie dla populacji ludzkiej. Projekt finansowany jest w ramach grantu IDUB against COVID-19
- NanoGAM: metoda badania struktury trójwymiarowej genomu, poprzez zastosowanie długich odczytów sekwencji DNA mikroskrawków z utrwalonych jąder komórkowych
Pracownicy
- Prof. dr hab. Dariusz Plewczyński – Opiekun Naukowy
- Dr Michał Łaźniewski – Kierownik Pracowni
- Dr Karolina Jodkowska
- Dr Teresa Szczepińska