dr Karolina Jodkowska

Adiunkt badawczy

Biografia

Karolina Jodkowska ukończyła studia licencjackie i magisterskie na Wydziale Biologii Uniwersytetu Warszawskiego. Uzyskała stopień doktora nauk biologicznych (specjalizacja biologia molekularna) na Autonomicznym Uniwersytecie w Madrycie (Hiszpania). Posiada szerokie doświadczenie eksperymentalne w dziedzinie biochemii, biologii molekularnej i genomiki, które zdobywała w prestiżowych ośrodkach polskich i zagranicznych. Jest laureatką międzynarodowego programu stypendialnego dla doktorantów sponsorowanego przez fundację „La Caixa”. Badania do pracy doktorskiej prowadziła w Narodowym Centrum Badań Onkologicznych (CNIO) w Madrycie, zajmując się mechanizmami regulującymi miejsca startu replikacji w komórkach ssaków. Uzyskała stypendium wyjazdowe ze środków Boehringer Ingelheim Fonds na staż naukowy na Uniwersytecie Emory (Atlanta, USA) w celu nauczenia się najnowocześniejszych technik służących do analizy struktury trójwymiarowej genomu w jądrze komórkowym. Posiada szerokie doświadczenie w zakresie wysokoprzepustowych technik wykorzystujących sekwencjonowanie całogenomowe (Hi-C, HiChIP, SNS-seq, Pore-C, ChIP-seq, RNA-seq), z wykorzystaniem platform takich jak Illumina i Oxford Nanopore. Jej zainteresowania badawcze koncentrują się na lepszym zrozumieniu tego jak podstawowe procesy zachodzące w komórce takie jak replikacja, transkrypcja czy naprawa DNA są skoordynowane z trójwymiarową strukturą genomu w jądrze komórkowym.

Wybrane publikacje

  1. 3D-GNOME 2.0: a three-dimensional genome modeling engine for predicting structural variation-driven alterations of chromatin spatial structure in the human genome, Nucleic Acids Research. Wlasnowolski M, Sadowski M, Czarnota T, Jodkowska K, Szalaj P, Tang Z, Ruan Y, Plewczynski D. Volume 48, Issue W1, 02 July 2020, Pages W170–W176, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa388
  2. Three-dimensional connectivity and chromatin environment mediate the activation efficiency of mammalian DNA replication origins. Jodkowska K, Pancaldi V, Almeida R, Maria Rigau, Graña-Castro O, Fernández-Justel JM, Rodríguez-Acebes S, Rubio-Camarillo M, Carrillo-de Santa Pau E, Pisano D, Al-Shahrour F, Valencia A, Gómez M, Méndez J. bioRxiv 644971; doi: https://doi.org/10.1101/644971
  3. Super resolution imaging of a distinct chromatin loop in human lymphoblastoid cells. Zhu J, Parteka Z, Lee B, Szalaj P, Wang P, Jodkowska K, Aaron J, Chew T-L, Plewczynski D, Ruan Y. bioRxiv 621920; doi: https://doi.org/10.1101/621920
  4. A short G1 phase imposes constitutive replication stress and fork remodelling in mouse embryonic stem cells. Ahuja AK, Jodkowska K, Teloni F, Bizard AH, Zellweger R, Herrador R, Ortega S, Hickson ID, Altmeyer M, Mendez J, Lopes M. Nat Commun. 2016 Feb 15;7:10660.
  5. Multilayer OMIC data in medullary thyroid carcinoma identifies the STAT3 pathway as a potential therapeutic target in RETM918T tumors. Mancikova V, Montero-Conde C, Perales-Paton J, Fernandez AF, Santacana M, Jodkowska K, Inglada-Pérez L, Castelblanco E, Borrego S, Encinas M, Matias-Guiu X, Fraga MF, Robledo M. Clin Cancer Res. 2016 Sep 12
Skip to content